有关空印案的处置，以至于发生时间，所杀人数，存在许多疑点。空印案是惩治贪官污吏还是乱杀无辜，后人对朱元璋评价上亦存在分歧。

空印案发生的时间有几个不同说法，一说为洪武九年（西元1376年），一说为洪武十五年（西元1382年）。《明史‧刑法志》里记载洪武十八年郭桓案后追述一句“先是十五年空印事发。”又载户部核查的名目是“钱粮、军需诸事”。所以空印案发生于洪武十五年的说法可能是来自于《明史‧刑法志》的记载。

《明史》卷九十四《刑法志》，卷一百三十九《郑士利传》传中记载“时帝方盛怒……丞相御史莫敢谏。士利叹曰：“上不知，以空印为大罪。诚得人言之，上圣明，宁有不悟。”，“会星变求言。士利曰‘可矣’。”同卷《叶伯巨传》记述“洪武九年星变，诏求直言。”叶伯巨在此时上疏，批评朱元璋“分封太侈，用刑太繁，求治太速”。《国榷》中记载这次星变的时间，是在洪武九年闰九月初，由此可推算郑士利上疏是在洪武九年。方孝孺也在《叶郑传》明确记载：“洪武九年，天下考校钱谷策书，空印事起。”

由于《明史》本身的记载前后并不相符，因此很难单就其记述来确认空印案发生的时间。在方孝孺《先府君行状》里记载其父方克勤“终岁，将释归，会印章事起，吏又诬及。”。因方克勤曾在洪武八年十月被下属程贡诬陷，发到江浦服刑。服刑将满一年即将释放之时却又发生了空印案，再度被牵连，于洪九年十月二十四日去世(《先府君行状》)。因此将空印案发生的时间推定为洪武九年九月是较为恰当的。

又《叶郑传》文中技记述“丞相大夫皆知空印者无它罪，可恕，莫敢谏”，郑士利后来为此上疏，由丞相将上疏交御史大夫转达御前，由于洪武十三年胡惟庸案后，明太祖朱元璋已宣布废相，郑士利可将上疏交由宰相转达，由此可推断空印案不可能发生于洪武十三年之后，因当时已无宰相一职。受诛人数空印案与郭桓案中遭牵连诛杀数字可能是根据《明史‧刑法志》而来。

《刑法志》中提到郭桓案“系死者数万人”，又提到“二狱（空印案与郭桓案）所诛杀已过当”。空印案跟郭桓案等三案所诛杀也在四万。方孝孺在《叶郑传》提到，空印案发生时，“凡主印吏及署字有名者皆逮系御史狱。狱凡数百人。士利兄亦以河南时空印系狱中”。士利兄即为郑士原，曾任河南怀庆府同知，此时任湖广按察司佥事。郑士原可能就是“行省言臣二十余辈”的其中一个。

郑士利在案发之初就想上疏，但为了避免受人怀疑是为救其兄，所以一直等到郑士原出狱之后才敢上疏，就是为了替留在狱中的死囚申辩。在《叶郑传》文末提到郑士利失败，朱元璋还是“竟杀空印者”。郑士原任官湖广，却因从前任河南任内之事入狱，说明朱元璋是按照空印文书上的署名逮捕官员。所以被逮捕的人数其实也不过数百人之谱。全文末也未提到在这数百人之后又进行了逮捕行动。且在这数百人中还有部份是被充军而非处死。

所以被杀的人也就不会超过数百人。而一般所称的数万人很可能是依照其他几个大案推测而来的。明朝之初整个官员阶层的人数并不多，而经手空白盖印文书也只有其中一小部分，如果按照数万人来推算，官员人数应该会严重不足，造成政务运转以及地方管理上的困难，这也不可能会是朱元璋所乐见的。