1500多年前，南北朝刘敬业在《异苑》中记载：“南康有奚石山，有柑橘、橙、柚。”南康就是今天赣州一带。至北宋年间，柑、橘、橙、柚等果树已经蔚然成林。在清朝年间，赣南脐橙是下方官员进贡给朝廷的水果之一，深得雍正帝喜食。

1971年，信丰县安西园艺场从湖南邵阳引种156棵“华盛顿脐橙”。1974年开始结果，于1975年3月参展“广交会”，得到了外贸界、香港商界的高度评价，在香港试销价格为每公斤36港元，高于美国产脐橙。

20世纪80年代，中国科学院南方山区综合考察队在赣南实地考察一年后得出这样的结论：“赣南发展柑橘气候得天独厚，应成为我国柑橘商品生产重要基地。时任中共中央总书记的的胡耀邦专门为发展赣南柑橘产业作出批示。赣州从华中农业大学引种纽贺尔等8个脐橙品种试种成功。

1990年11月，赣州科技部门组织专家对项目进行验收和成果鉴定，现场测产达到亩产2964.18公斤，为当时国内同类研究的最好成绩。

2000年11月24—29日，农业部种植业管理司经作处副处长王小兵，华中农大柑桔研究所所长孙中海教授，中国农科院柑桔研究所所长助理邓烈副研究员来赣南考察脐橙生产后，提出“赣南：加入WTO之后中国柑桔的希望所在”的考察报告。

2003年2月12日，农业部正式发布《优势农产品区域布局规划（2003—2007年）》，将赣南列入赣南湘南桂北优势产业区，将成为我国重要的鲜食脐橙生产基地。

2003年被批准为中国地理标志保护产品。

2012年11月28日至12月2日第四届中国赣州国际脐橙节在赣州举行，由农业部、江西省人民政府主办，赣州市人民政府、江西省农业厅承办，主题是“相约世界橙乡·共促赣南苏区振兴”。

2012年11月29日上午，“赣南脐橙”中国驰名商标授牌仪式在赣州市黄金广场举行。“赣南脐橙”地理标志商标于2009年10月由国家工商总局商标局核准注册，成为赣州市脐橙产业的一个公共品牌。